El Jurado Nacional de Elecciones (JNE) ha expresado su oposición a la medida propuesta, argumentando que esta va en contra de la independencia e imparcialidad del sistema electoral, además de violar principios democráticos y derechos fundamentales. Mediante un pronunciamiento, el ente electoral ha afirmado que ya ha enviado su opinión institucional al grupo de trabajo encargado de la iniciativa legislativa que busca reformar el artículo 99 de la Constitución, reafirmando así su posición al respecto.
Asimismo, el JNE señala que el no incluirlos dentro de las autoridades pasibles de juicio político no implica en modo alguno que se ejerza control sobre ellos o se promueva la impunidad, ya que sus decisiones pueden ser cuestionadas ante la jurisdicción constitucional y que existen otros mecanismos para nombrar, evaluar y destituir a quienes ejercen la judicatura.
Además, señalaron que se corre el riesgo de otorgarle al Parlamento el poder de sancionar a los organismos electorales sobre la base de una valoración política y no jurídica. El JNE solicita que se consideren sus argumentos y señala que no han sido convocados a la sesión del grupo de trabajo del Congreso.